El programa de cómputo distribuido Folding@home de la Universidad Stanford se ha convertido en una fuerza importante en la búsqueda de curas para enfermedades mortales como el cáncer, la fibrosis cística y el mal de Parkinson al combinar el poder de cómputo de millones de procesadores para simular el plegamiento de proteínas. El proyecto Folding@home es el ejemplo más reciente de la creciente lista de aplicaciones no relacionadas con los juegos de las unidades de procesamiento de gráficos (GPU). Al correr el cliente Folding@home en una GPU GeForce® de NVIDIA®, las simulaciones del plegamiento de proteínas pueden hacerse 140 veces más rápido que con algunas de las CPUs tradicionales de hoy.
“El impacto de las GPUs GeForce en las simulaciones de plegamiento de proteínas fue inmediato y considerable”, aseguró Vijay Pande, profesor asociado de química de la Universidad de Stanford y director del proyecto Folding@home. “Los equipos que están haciendo este proceso con las GPUs GeForce están viendo cómo se eleva exponencialmente su producción. Aplicar ese tipo de poder de procesamiento a Folding@home cambia toda la dinámica del proyecto y podría reducir considerablemente el tiempo que se requiere para realizar nuestra investigación biomédica”.
El proyecto Folding@home ha logrado captar una gran cantidad de adeptos quienes compiten en equipos para procesar tantas unidades de dato como sea posible. Sus estadísticas no oficiales son organizadas y desplegadas en ExtremeOverclocking.com. Al equipo de plegamiento interno de NVIDIA le tomó sólo dos semanas adelantarse al 90% de todos los equipos, usando sólo 10 máquinas. Después de ampliar el equipo para incluir más GPUs, el equipo de NVIDIA se ha incorporado dentro del 0.1% de los equipos en producción total continua en menos de un mes.
Otros equipos de plegamiento también están reportando avances como resultado del cliente Folding@home de NVIDIA.
“Vimos duplicarse el trabajo completo de nuestro equipo PC Games Hardware Folding como resultado de la instalación del cliente NVIDIA Folding por parte de los miembros del equipo”, aseguró Carsten Spille, editor de PC Games Hardware. “Estamos superando a muchos equipos todos los días y finalmente hemos logrado nuestro objetivo de ser uno de los 100 mejores equipos de plegamiento de proteínas del mundo”.
Plegamiento de Proteínas
Las proteínas se reúnen a través de un proceso biológico llamado “plegamiento”. El objetivo del proyecto Folding@home es entender el plegamiento de proteínas, el mal plegamiento y enfermedades relacionadas. Folding@home simula el plegamiento de proteínas para entender cómo se pliegan las proteínas de modo tan rápido y confiable y saber lo que sucede cuando la proteína no lo hacen correctamente. Se cree que muchas enfermedades como el Alzheimer, la fibrosis cística, el mal de las vacas locas, una forma hereditaria de enfisema y muchos tipos de cáncer son resultado del mal plegamiento de las proteínas.
